La rebelión de las Alpujarras (1567 a 1571) se produjo bajo el reinado de Felipe II como respuesta a un edicto concebido en 1566 (conocido como la Pragmática) que limitaba las libertades religiosas de la población morisca. En 1567 Pedro de Deza, presidente de la Audiencia de Granada, proclamó el edicto y comenzó a hacerlo cumplir. Como consecuencia de la rebelión de las Alpujarras, se dispersaron por la península más de 80000 moriscos.
La población morisca estaba dispuesta a negociar. Sus representantes, Jorge de Baeza y Francisco Núñez Muley, defendieron que las tradiciones perseguidas por el edicto no eran incompatibles con la doctrina cristiana y que el comercio (principal actividad económica de la población morisca) se podía ver afectado con la consiguiente disminución de ingresos reales. Estos argumentos, que anteriormente funcionaron con Carlos I, no lo hicieron con Felipe II.
Tras un año de infructuosas negociaciones, la población morisca granadina decidió levantarse en armas en 1568. No recibieron mucho apoyo en la capital, pero la rebelión se extendió rápidamente por las Alpujarras. El líder del levantamiento morisco era Fernando de Córdoba y Válor-Táboas, descendiente del Califa de Córdoba, que volvió a su nombre árabe de Aben Omeya —también Abén Humeya— y fue proclamado rey cerca de Narila. Uno de sus seguidores era Farax Aben Farax, que fue nombrado alguacil mayor del rey. Un año más tarde fue asesinado, ocupando el puesto de rey su primo Abén Aboo. La rebelión fue apoyada militar y económicamente desde Argelia. De 4.000 insurgentes que había en 1569 se pasó a 25.000 en 1570 (incluyendo bereberes y turcos que la apoyaban con el objetivo de debilitar a Felipe II).
Fue una guerra que comenzó con incursiones y emboscadas, pues sorprendió a Felipe II con la mayoría de sus tercios en los Países Bajos. Ante el peligro de extensión de la revuelta, en 1570 Juan de Austria lideró un ejército regular traído de Italia y España oriental para sustituir a la milicia andaluza, el cual acabó con la revuelta en 1571. Los últimos rebeldes, tras la destrucción del castillo de Juviles, antigua taha, fueron asediados en sus cuevas, en una de las cuales (la de Bérchules) Aben Aboo murió apuñalado por sus seguidores.
Los moriscos de Granada (donde había un gran número) fueron dispersados hacia otros lugares de la Corona de Castilla (Galicia, Reino de León y mayormente La Mancha y Andalucía) para evitar otra rebelión. Pero más tarde se produjo su expulsión final en 1609 bajo Felipe III (véase Expulsión de los moriscos).
Entre los que pelearon contra los moriscos estaba el escritor Inca Garcilaso de la Vega
